税收也是物流公司公司需要背负的另一个沉重负担。上海货运公司营业税、公司所得税、个人所得税、印花税、河道税，名目繁多，而如果一单货物要通过几家公司，甚至一家企业的几个子公司周转完成，就会出现重复计税，多一次周转就多一税收。有企业称光是这种税收成本就能占到总成本的20%~30%。

      部分物流公司企业就简单改装自己的运输车，改装之后，上海到延安物流交通执法部门只是简单罚款，仍旧让车辆上路。改装车拉货多，盈利自然好，于是所有企业都跟风行动。当全这一行业都超限的时候，就积重难返了。

　   在马增荣看来，更加根本的解决办法应该是修改中国对运输车辆的标准设定。他认为，工信部对运输车辆制定的标准不宜太多太细，应该设定一个标准范围，在范围内让车企主动去开发适合各种运输需求的车辆。比如车辆的长度也不一定必须前面长12米、后面长8米。当符合运输需求的车上路的时候，出现超载超限的可能性就小了。

　　对于过路费过桥费这笔占物流公司企业成本的“固定支出”，何黎明呼吁政府应对道路收费站点进行全面的排查清理，撤销收费期限已经到期、修路资金已经收回的路段，以及非法设立的收费站点，并对处于城市周边、车流量较大以及收费期限即将到期的路段，希望政府能够回购使其回归公益性质。对于其他收费公路， 何黎明希望有关部门能加强监管，降低收费标准。他认为，让路桥经营企业公开其收入和运营成本、接受社会监督也能起到一定的作用。